วัดนี้จึงมีเอกลักษณ์ความเป็นลูกผสมไทยเอาไว้หลายอย่างที่หาดูจากที่อื่นไม่ได้ เช่นป้ายชื่อทางเข้าวิหารหลักแบบญี่ปุ่นแต่เขียนด้วยอักษรภาษาไทย ระฆังสไตล์วัดเซนของญี่ปุ่นแต่สลักตัวย่อเป็นสัญลักษณ์ จปร. รวมถึงเทพหน้าทางเข้าประตูวัดที่มักจะเป็นยักษ์ สไตล์ญี่ปุ่น ก็เปลี่ยนเป็นรูปปั้นไม้แกะสลักที่เป็นรูปแบบของพระสงฆ์ไทยด้วย ความพิเศษคือ เป็นวัดเดียวในประเทศญี่ปุ่น ที่ไม่ขึ้นกับศาสนาพุทธนิกายใดๆ เลย แต่จะมีส่วนผสมของทุกนิกาย (ในญี่ปุ่นมีมากถึง 19 นิกาย) โดยจะผลัดเปลี่ยนกันมาดูแลปีละ 1 นิกาย

วัดนี้จะแบ่งพื้นที่เป็น 2 ส่วนและอยู่แยกจากกัน คือส่วนที่เรียกว่า HONDOU กับ HONDOU REIDOU คนมักจะรู้จักกันแต่เพียงส่วน HONDOU นี้ เวลาคนไปที่นี่จึงมักจะเลือกไปกันแค่เขตนี้ และไม่ได้ไปอีกส่วนหนึ่งที่อยู่เยื้องกันเพียงข้ามถนนไปเท่านั้น ซึ่งจะมีพระเจดีย์สำหรับเก็บพระบรมสารีริกธาตุอยู่ด้วย

ภายในบริเวณบริเวณวัดส่วน HONDOU จะมีหออนุเสาวรีย์รัชกาลที่ 5 และหอระฆังขนาดใหญ่ ที่ในหลวงรัชกาลที่ 9 เป็น ผู้พระราชทานพระศากยะมุนีเพื่อเป็นพระประธานอยู่ที่นี่ พร้อมทั้งต้นราชพฤกษ์อีก 2 ต้นที่ปลูกโดยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ ในรัชกาลที่ 9 ด้วย